Eine Primärorganisation ist im Gegensatz zur Sekundärorganisation die – meistens hierarchische – Grundstruktur einer Organisation und besteht aus über einen langen Zeitraum bestehenden Organisationseinheiten, wie zum Beispiel Stellen, Rollen, Teams, Gruppen, Abteilungen Hauptabteilungen oder Geschäftsbereiche. Die Kommunikation innerhalb der Primärorganisation verläuft in der Regel vertikal oder ergänzt wird die Primärorganisation durch die Sekundärorganisation.

Sekundärorganisationen beschreibt die vertikalen, oft temporären Verbindungen der einzelnen Organisationseinheiten, sind hierarchieübergreifende oder hierarchieergänzende Organisationseinheiten, die u.a. zur Lösung von Schnittstellen- und komplexen und/oder interdisziplinären Herausforderungen eingesetzt werden. Ziel ist dabei, diese Herausforderungen multidisziplinär/ kreativ unter Einbezug aller Betroffenen oder effizient an den Schnittstellen zum Ergebnis zu führen. Dazu können beispielsweise gehören: Stab, Arbeitsgruppen, Start-ups, abteilungsübergreifende Teams, organisationseinheiten-übergreifende Projekte, Projektmanagement, Prozessverantwortliche, Prozessmanagement, organisationseinheitenübergreifende Geschäftsprozesse.

Ziel einer Sekundärorganisation kann es sein, zügig neue Innovationen und innovative Prozesse im Unternehmen einzuführen. In dieser nicht von Hierarchien geprägten Sekundärorganisation können aufgrund flacher Hierarchien und möglicherweise höheren Freiheitsgraden im Hinblick auf Entscheidungskompetenzen, einer möglicherweise freieren Budgetstruktur und einer Zusammenführung verschiedener Kompetenzen Innovationen erfolgreich gefördert werden.